Les Maisons familiales rurales mettent en œuvre des formations scolaires par alternance qui dépendent du ministère de l’Agriculture, leur autorité de tutelle. Le planning d’alternance, défini pour l’année, intègre les semaines de formation en stage, les semaines de formation à la Maison familiale rurale et les vacances scolaires.
Le stage est un temps de formation à part entière. Un élève de MFR qui est inscrit dans une formation scolaire par alternance n’est pas un salarié. Lorsqu’il est en stage, il demeure sous statut scolaire. La MFR porte la responsabilité pédagogique du stage qui peut se réaliser dans une entreprise du secteur privé, du secteur public, chez un agriculteur, chez un artisan, dans une collectivité, une structure sanitaire et sociale…
Le stage est une autre façon d’apprendre. Il fournit aux jeunes l’occasion d’être actif, de découvrir un nouvel environnement, d’échanger avec des adultes engagés dans une profession.
Pour préparer chaque séjour en entreprise, les jeunes élaborent à la MFR un questionnaire appelé « plan d’étude ». Les jeunes répondent à ces questions avec l’aide du maître de stage ou d'apprentissage et réalisent leur étude d’alternance. Au retour à la Maison familiale rurale, elle sera exploitée et utilisée dans les activités pédagogiques. Suivant le niveau de formation, le plan d’étude peut être remplacé par la réalisation d’une fiche technique, d’un rapport de stage…
Un carnet de liaison est proposé par la MFR où sont notées les activités réalisées à la MFR et en stage. Ce carnet facilite la communication entre la famille, le maître de stage ou d'apprentissage et les moniteurs.
Il est important que celui-ci puisse dégager du temps pour échanger avec son stagiaire ou son apprenti. Il fera régulièrement le point avec lui sur les activités, sera à l’écoute de ses besoins, de ses attentes et des difficultés qu’il peut rencontrer. Les jeunes sont souvent en demande d’encouragements. Par timidité ou par crainte, ils peuvent également hésiter à confier au maître de stage ou d'apprentissage qu’ils rencontrent des problèmes pour effectuer une ou des tâches prévues.
L’accompagnement de l’équipe éducative de la Maison familiale rurale, pendant le stage, se concrétise par des visites dans l’entreprise, des contacts téléphoniques, des bilans personnalisés…